存银不过百万余两，可捉襟见肘之下皇帝依然倾举国之力多次下令让户部内务府调拨银两尽供黄淮之堤，甚至当时宫中立后册嫔都因为治河所需银两耗费巨甚而有所俭省。

靳辅在头两年内的确没有辜负皇帝的期望，驻堤修坝成效显著，但天有不测风云，康熙十九年夏季黄河暴涨，三年治河所费尽数付之东流，最可怕的是洪水直接淹没了前明的祖陵。当时弹劾靳辅的奏片如飞雪般送进乾清宫，但那时在明珠的力保之下，皇帝最终同意靳辅戴罪立功，只要尽快堵住决口就可以既往不咎。

但治河奇才的靳辅当时对着皇帝的要求尽快堵住决口的命令阳奉阴违，他改变策略在高家堰专注修建减水坝，并没有将治河银两用在朝廷明喻的修堵河口之上。到了康熙二十年，弹劾靳辅要求他必须下狱严惩的声势到达了顶峰，但即使到了那个时候明珠依然在御前舌战群臣力保靳辅乃唯一可堪用之河总。