因此也看得出，现在清廷并不是南京政府的对手。自己留在清廷，恐怕难有好结果。

这到并不是说商毅击败清廷之后，会把自己当清廷官员处死，因为看在郑成功的面子上，保住自己的命还是可以的，但清廷会不会放过自己，还很难说。毕竟现在清廷重用自己，是实在没有办法，一但到了灭亡的时候，很有可能会先把自己干掉，也说不定。

在清廷的这些时日里，郑芝龙也不是没想过要逃跑，由其是受命出任水师提督之后，更是觉得机会来了，只要是到了海上，自己可就是龙归大海了。但清廷也早预料到这一手，对他的监视也更为严密，毎次出海的时候，几乎就像是押犯人一样，随时都有六七个人围在郑芝龙的身边，稍有举动，就立刻有人过来阻止也让郑芝龙意识到，自己根本就一点办法都没有。

在这种情况下，郑芝龙也决定暂时放弃逃路的打算，而是全力先取得清廷的信任再说，因此在组建海军的工作中，也十分努力。现在已经训练了五千多名水军士兵、水手、船员等，并从民间搜罗到多种船只一百二十余条，又监造了三十余条船只，至少也使清廷的海军初建规模了。

不过现在清廷海军的战船中，基本都是二三百料的小船，四百料战船只有几艘，再大的就基没有，这是因为中国北方的造船技术远远落后于南方，而监造的战船也多是小船，因此基本没有多少战斗力。不过在这段时间里，朝鲜的将军李杜国也监造出龟甲船二十条，其中有三条体形较大，其余和当年李舜臣所用的一样。加上后来朝鲜又向清廷进贡了五条龟甲船，现在清廷一共有二十五艘龟甲船了。

多尓衮也曾亲自赶到天津，观看过这种龟甲船的训练，到还十分满意，也对龟甲船寄于了厚望，因此也下令，将龟甲船单独编成一支舰队，都交给李杜国指挥。

在商毅出兵进攻马尼拉的时候，多尔衮曾把郑芝龙和李杜国都招到北京，一方面是询马尼拉的情况，另一方面也是了解海军的情况。

当时李杜国可是踌躇满志，信心十足，认为有了龟甲船之后，不必害怕中华军的海军，甚致向多尔衮请令，要带着龟甲舰队去进攻中华军在登州的海军基地。但郑芝龙的看法和李杜国刚刚相反，现在清廷的海军仅仅只是刚起步，根本不可能是中华军的对手，龟甲船根本就是华而不实，并不可大用，如果冒然进攻必败无疑。

其实郑芝龙故意把龟甲船贬得一钱不值，其实是用的激将法，希望多尔衮能让李杜国带着龟甲船出战一次，因为只有等李杜国被中华伏波军彻底打败了，清廷才能意识到自己的重要性，说不定会放松对自己的监视。