期极为短暂，以苏观生为道的绍武朝廷执政大臣出于希望独占大权的私人目地，不断在绍武皇帝朱聿鐭面前攻击郑成功，称他拥兵自重、不尊朝廷，并要朱聿鐭警防尾大难掉。后来绍武朝廷在没有通知郑成功的情况下，就接纳了金声桓的归顺，为郑成功树立一个对立的军事力量，双方立刻就产生了对立的矛盾。

随后绍武朝廷又加入南方联盟，共同对付南京政府，而郑成功和商毅的关系密切，极力反对，也使双方的矛盾越来越深了。

虽然郑成功十分后悔，把绍武朝廷接到福建来，但现在木己成舟，无法挽回，他又不愿受人以柄，因此也只好采取消及应对的方式，平时的大部份时间都是在泉州驻守练兵、通商，很少去福州朝见朱聿鐭，也落个眼不见心不烦。这次出兵参加中原大战，也只向绍武朝廷知会了一声，然后也不管绍武朝廷同不同意，就自管出兵。

郑成功对绍武朝廷釆用敬而远之的对策，而绍武朝廷却是树欲静而风不止，在郑成功出兵之后，苏观生就立刻向朱聿鐭建议，趁郑成功不在，出兵攻取泉州、彰州，彻底清除郑氏在福建的势力。在众人的劝说之后，朱聿鐭也暗下密令，命金声桓出兵。

其实金声桓也是一个拥兵自重的主，虽然平时信誓旦旦，要尽忠绍武朝廷，和郑成功誓不两立，但这是希望借助绍武朝廷的各种资源，发展自己的力量，一但绍武朝廷真的下令了，当然不会轻易出兵，去和郑成功拼个死活。于是又左推右辞，寻找诸多借口，说什么自己兵力不足等等。

这时尚可喜正在极力的促成南方联盟共同出兵进攻南京政府，因为这时北方连继传来清廷失利的消息，尚可喜当然知道，一但中华军彻底击了清廷，那么下一个目标一定就是南方，因此南方联盟才要尽快出兵，拖住中华军，也保证清廷不会被击跨，这样才能自保。于是尚可喜一面积极的促成吴三桂归顺永历朝廷，一面也屡次派人来催促绍武朝廷尽快准备出兵。并派儿子尚之孝出使福州，游说绍武朝廷的各大臣们。

本来在永历朝廷里，吴、楚两党正在为了是否接纳吴三桂争论不休，但随着尚可喜的介入，加上马吉翔又勾结永历皇帝朱甴榔身边的太监庞天寿，向朱甴榔极力劝说，因此朱由榔最终决定，接纳吴三桂的归顺，并且不经过内阁，直接下诏以陈邦传为使，到四川策封吴三桂为蜀王，而等丁时魁、瞿式耜、何腾蛟等人得信之后，陈邦傅己经到达了成都，正式向吴三桂下诏。

而吴三桂得到永历朝廷的诏书之后，立刻亲自领兵五万，甴贵州广西，朝见朱甴榔。而永历朝中的楚党众臣见吴三桂兵势众多，也都心怀恐惧，因此也不得不承认吴三桂己经归顺永历朝廷的事实。