拘杀明使，山本次郎的祖父更加猖獗。十多年后，朱元璋巩固了内政，便要收拾这些倭寇，正巧赶上明左丞相胡惟庸谋反一案，朱元璋施展手段，一方面诛杀功臣，一方面严令海禁，派遣水师围剿倭寇。

山本次郎的祖父就在这个时期被剿杀，他的儿子，也就是山本次郎的父亲，逃回扶桑，隐忍多年，永乐年间，卷土重来，劫掠大明沿海村镇，朱棣极为重视，命辽东总兵官严加防范，终于在望海埚之战中，歼灭了入侵倭寇约一千六百人，山本次郎的父亲和哥哥山本一郎在这一战中被斩杀。