李自成给马家和秦家最高的待遇，随即便是在石砫宣慰司推行天命都督府的律法，撤销“石砫宣慰司”，改设普通的县域，因为“砫”字太过生僻，改为“石柱县”，依然属于重庆府，由秦翼明出任知县。

石柱县域，立即开始执行天命都督府的《土地律》、《工商律》、《税率》，此外，原先的“石砫宣慰司”，实际上执行土司制度，还要改土归流，全民汉化。

原本马祥麟是世袭的石砫宣慰使，但马家、秦家原本都是汉人，全面汉化没什么问题，至于损失的世袭地位，李自成答应秦良玉，将来封爵的时候，马家、秦家必会有一份，只不过天命都督府的爵位，不会像大明的亲王那般世袭罔替。